Masjid ini merupakan sebuah masjid berumur sangat tua yang didirikan pada tahun 1480 oleh Syarif Abdurrahman atau Pangeran Panjunan. Ia adalah seorang keturunan Arab yang memimpin sekelompok imigran dari Baghdad, dan kemudian menjadi murid Sunan Gunung Jati. Masjid Merah Panjunan terletak di sebuah sudut jalan di Kampung Panjunan, kampung dimana terdapat banyak pengrajin tembikar atau jun.
Masjid Panjunan semula bernama mushala Al-Athya namun karena pagarnya yang terbuat dari bata merah menjadikan masjid ini lebih terkenal dengan sebutan Masjid Merah Panjunan.
Awalnya masjid ini merupakan tajug atau Mushola sederhana, karena lingkungan tersebut adalah tempat bertemunya pedagang dari berbagai suku bangsa, Pangeran Panjunan berinisiatif membangun Mushola tersebut menjadi masjid dengan perpaduan budaya dan agama sejak sebelum Islam, yaitu Hindu – Budha.
Masjid Merah Panjunan ini telah dimasukkan sebagai benda cagar budaya.
Arsitektur Mihrab Masjid Panjunan Bangunan lama mushala itu berukuran 40 meter persegi saja, kemudian dibangun menjadi berukuran 150 meter persegi karena menjadi masjid.
Meskipun pendiri Masjid Merah Panjunan adalah seorang keturunan Arab, dan Kampung Panjunan adalah merupakan daerah permukiman warga keturunan Arab, namun pengaruh budaya Arab terlihat sangat sedikit pada arsitektur bangunan Masjid Merah Panjunan ini. Barangkali ini adalah sebuah pendekatan kultural yang digunakan dalam penyebaran Agama Islam pada masa itu.
Arsitektur Masjid Panjunan merupakan perpaduan budaya Hindu, Cina, dan Islam. Sekilas masjid ini tidak seperti masjid pada umumnya karena memang bentuk bangunannya menyerupai kuil hindu, adanya mihrab yang membuat bangunan Masjid Merah Panjunan ini menjadi terlihat seperti sebuah masjid, serta adanya beberapa tulisan berhuruf Arab pada dinding. Beberapa keramik buatan Cina yang menempel pada dinding konon merupakan bagian dari hadiah ketika Sunan Gunung Jati menikah dengan Tan Hong Tien Nio.
Ruangan utama Masjid Merah Panjunan langit-langitnya ditopang oleh lebih dari lima pasang tiang kayu. Umpak pada tiang penyangga juga memperlihatkan pengaruh kebudayaan lama. Sementara keramik yang menempel pada dinding memperlihatkan pengaruh budaya Cina dan Eropa.
Pada bagian mihrab dihiasi dengan keramik yang indah. Lengkung pada mihrab pun yang berbentuk paduraksa juga memperlihatkan pengaruh budaya lama. Di Masjid Merah Panjunan ini tidak ada mimbar, karenanya hanya digunakan untuk sholat sehari-hari, tidak untuk ibadah sholat Jumat, atau sholat berjamaah di Hari Raya Islam.
Tampak muka Masjid Merah Panjunan yang terbuat dari susunan batu bata merah yang pintu gapuranya memperlihatkan pengaruh Hindu dari zaman Majapahit yang banyak bertebaran di daerah Cirebon. Gapura yang susunan batanya berwarna merah memberikan nama tengah kepada masjid ini. Adalah Panembahan Ratu yang merupakan cicit Sunan Gunung Jati yang membangun tembok keliling bata merah setinggi 1,5 m dan ketebalan 40 cm pada tahun 1949.
Sumber Referensi WikiPedia Indonesia